Sur l'ensemble de l'archipel, la thermocline et le gradient de salinité présentent des fluctuations saisonnières, en s'estompant du début vers la fin de l'année. La période chaude et humide correspond à la formation des gradients les plus marqués. Superficielle (entre 30 et 50 m) surtout pendant la première moitié de l'année, la thermocline s'enfonçe ensuite. Au nord de l'archipel, elle reste bien marquée en hiver, période pendant laquelle elle atteint une profondeur proche de 100 m. Au sud, elle s'estompe dès le milieu de l'année. Le gradient de salinité apparent vers 150 m au nord de l'archipel s'enfonce à 200 m au sud du pays où les fluctuations saisonnières sont moins importantes que dans le nord.